Podatnicy korzystający ze zwolnienia z VAT coraz częściej pytają, czy muszą wystawiać faktury w Krajowym Systemie e-Faktur i co w sytuacji, gdy nie mają jeszcze nadanego NIP. Odpowiedź wynika z przepisów ustawy o VAT oraz stanowiska Ministerstwa Finansów przedstawionego w piśmie do Stowarzyszenia Księgowych w Polsce. Wynika z nich jasno: sam fakt zwolnienia z VAT nie oznacza automatycznie braku obowiązków związanych z KSeF, jeśli podatnik decyduje się na fakturowanie sprzedaży.
Zwolnienie z VAT
Zwolnienie z VAT może mieć charakter przedmiotowy – zależny od rodzaju wykonywanych czynności na podstawie art. 43 ustawy o VAT – albo podmiotowy, gdy roczna sprzedaż nie przekracza 240 tys. zł. Co do zasady podatnik zwolniony z VAT, bez względu na rodzaj zwolnienia, nie ma obowiązku wystawiania faktur, chyba że zażąda tego nabywca. Kupujący ma na zgłoszenie takiego żądania trzy miesiące, a jeśli zrobi to po terminie, sprzedawca nie musi dokumentować transakcji fakturą i nie powstaje obowiązek wystawienia dokumentu.
Ustawa przewiduje jednak wyjątki, gdy podatnik zwolniony z VAT nie musi wystawić faktury nawet wtedy, gdy klient zmieści się w trzymiesięcznym terminie. Dotyczy to m.in. usług wymienionych w art. 19a ust. 5 pkt 4, takich jak ochrona osób i mienia, stała obsługa prawna i biurowa czy najem i dzierżawa, a także procedur szczególnych z art. 106a pkt 3 i 4, np. sprzedaży na odległość towarów importowanych w ramach VAT IOSS. Ministerstwo Finansów potwierdziło, że w takich przypadkach podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury na żądanie nabywcy.
Resort wyjaśnił również, że w opisanych sytuacjach podatnik zwolniony z VAT nie powinien zastępować faktury rachunkiem. Rachunek służy do dokumentowania czynności całkowicie nieobjętych VAT, np. zbycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, działań organów władzy publicznej wykonywanych poza zakresem działalności gospodarczej czy sprzedaży rolników ryczałtowych korzystających z odrębnych zasad. Podatnik zwolniony z VAT prowadzi natomiast działalność gospodarczą w rozumieniu art. 15 ustawy, a jego czynności są objęte podatkiem, tylko korzystają z preferencji przewidzianych przepisami szczególnymi.
W praktyce podatnik zwolniony z VAT wystawia fakturę w dwóch głównych sytuacjach: gdy nabywca w terminie trzech miesięcy zażąda dokumentu, a czynność nie należy do katalogu wyłączonego spod tego obowiązku, lub gdy sam decyduje się udokumentować sprzedaż zwolnioną. W tym momencie wchodzi już w reżim Krajowego Systemu e-Faktur i musi stosować harmonogram wdrażania KSeF. Ministerstwo wskazało, że skoro ustawa przewiduje dokumentowanie czynności fakturą, to dokument ten – od 1 lutego albo 1 kwietnia 2026 r., w zależności od progu – powinien być co do zasady wystawiany w KSeF. Dotyczy to również faktur uproszczonych, które od 1 lutego 2026 r. mogą być wystawiane w systemie, dlatego w nowelizacji rozporządzenia o fakturach wprowadzono obowiązek podawania NIP wystawcy przy fakturze uproszczonej obsługiwanej przez KSeF.
Skala obrotu
Terminy wejścia do KSeF zależą od skali obrotu. Od 1 lutego 2026 r. faktury ustrukturyzowane będą obowiązkowe dla największych podmiotów, których sprzedaż brutto w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł. Od 1 kwietnia 2026 r. do systemu wejdą pozostali podatnicy, jeśli w danym miesiącu wystawią faktury na łączną kwotę brutto powyżej 10 tys. zł, natomiast od 1 stycznia 2027 r. KSeF obejmie także tych, którzy miesięcznie fakturują do 10 tys. zł. Do limitu 10 tys. zł wlicza się wszystkie faktury (papierowe i elektroniczne), które co do zasady powinny trafić do KSeF, ale pomija się sprzedaż na rzecz konsumentów, transakcje udokumentowane paragonami fiskalnymi i tzw. fakturami fiskalnymi z kas rejestrujących.
Istotne są tu relacje między zwolnieniem podmiotowym z VAT a progami KSeF. Zwolnienie przysługuje przy sprzedaży do 240 tys. zł rocznie, co odpowiada około 20 tys. zł miesięcznie i przekracza limit 10 tys. zł zwalniający z KSeF do końca 2026 r. Oznacza to, że podatnik zwolniony z VAT, który w danym miesiącu wystawi faktury na kwotę brutto powyżej 10 tys. zł, będzie musiał – począwszy od faktury przekraczającej limit – zacząć korzystać z KSeF. Obowiązku tego nie ma, jeśli większość sprzedaży dokumentuje paragonami fiskalnymi, fakturami z kasy lub fakturami na rzecz konsumentów.
Korzystanie z KSeF przez podatników zwolnionych wiąże się też z koniecznością posiadania numeru identyfikacji podatkowej. Ministerstwo podkreśliło, że wymogi techniczne systemu wymuszają podawanie NIP na fakturach ustrukturyzowanych. W efekcie każdy, kto wykonuje wyłącznie czynności zwolnione z VAT, ale będzie wystawiał faktury w KSeF – niezależnie, czy korzysta ze zwolnienia przedmiotowego czy podmiotowego – musi posługiwać się NIP. Podatnicy niemający jeszcze tego numeru, a przewidujący obowiązek wystawiania faktur w KSeF, powinni złożyć do urzędu skarbowego formularz NIP‑7.
